pour ma part je ne serai pas aussi catégorique que d'autres.
j'ai débuté dans une petite agence d'une dizaine de personnes (à l'époque, depuis ça a grossi) et ça m'a permis d'être très près des clients, des projets, d'avoir une bonne vue sur l'ensemble des choses (les budgets, les plannings, les réunions et décisions....), et d'occuper un poste de "direction artistique" de fait sur de gros projets, même si officiellement j'étais "juste" graphiste; chose qui aurait été beaucoup plus difficile (et plus long) perdu au milieu d'une soixantaine de types aux postes soigneusement hiérarchisés et cloisonnés.
toute ces petites expériences m'ont bien servi pour la suite.
le plus important est de choisir le poste où tu te sentiras le mieux. si tu penses mieux t'épanouir professionnellement dans la TPE pourquoi pas. bosser dans un grand groupe (surtout quand on est au bas de l'échelle) n'est pas forcément mieux, ça peu aussi être l'enfer, tout dépend où on tombe.
donc c'est toi qui vois selon ce que tu sais de chacune de ces deux boîtes.