Le réseau AEN est piloté par un comité de liaison interuniversitaire, le Comité AEN, qui réunit les vice-présidents Relations Internationales/Vie Etudiante des universités partenaires. Le Comité est appuyé par un secrétariat technique conjoint (STC), pour coordonner les actions qu’il a définies, accompagner le montage de projets et promouvoir le réseau. Le comité a des relais dans chaque université partenaire, au niveau institutionnel avec le vice-président Relations Internationales/Vie Etudiante, et au niveau opérationnel avec une personne contact AEN.